《金剛狼3》所有變種人都沒了是因爲有一部分變種人自然死亡了，還有一部分變種人因爲吃了轉基因的食物改變了基因無法產生後代，最後一部分變種人則死在了大腦萎縮的X教授手裏。
變種人雖然非常的強悍，但是他們的壽命並不比普通人長，甚至還要比普通人短很多，所以其中一些變種人就這樣自然死亡了。另外這些變種人想要活下去就必須要吃食物，可是他們吃到的食物卻大多都是轉基因食物，這些食物會改變人的基因，讓他們幾十年間都沒有後代出生，這樣一來，老的變種人已經去世，可是新的變種人卻一直沒有誕生，變種人就自然而然的消失了。
除了這個原因之外，還有一個非常重要的原因，那就是X教授。X教授非常強大，可是他卻因爲食用了轉基因的有害食物，致使大腦開始萎縮。大腦萎縮之後的他無法掌握自己的思想和行爲，於是下手傷害了許多變種人。在這三個重大因素的影響之下，變種人最後全部消失不見了。
最後唯一留在世上的變種人只有羅根和X教授，可這個時候的羅根自愈能力早已經消失，他整天喝酒度日，並且靠着當司機生活。但他還是不遺餘力的照顧着查爾斯。
