並不是所有的通行費電子發票都可以抵扣，發票會在左上角標識“通行費”字樣，且會在稅率欄次顯示適用稅率或徵收率，這種發票又稱“徵稅發票”，可用於抵扣。ETC後付費客戶和用戶卡用戶，在通過政府還貸性收費公路的部分，可在官方發票服務平臺取得暫由ETC客戶服務機構開具的通行費電子發票。這種發票左上角無“通行費”字樣，且稅率欄次顯示“不徵稅”字樣，這種發票又稱“不徵稅發票”，它只可用作記賬憑證，記入成本，但不能用於抵扣。
