區別如下：菌絲體指的是由許多菌絲連結在一起組成的營養體類型。菌絲體是菌絲集合在一起構成一定的宏觀結構。菌絲體是可以肉眼看見的，如:放久的饅頭長出來的黑色絨毛狀真菌。子實體是高等真菌的產孢構造，即果實體，由已組織化了的菌絲體組成。在擔子菌中又叫擔子果，在子囊菌中又叫子囊果。無論是有性生殖還是無性生殖，無論結構簡單或複雜，都稱其產孢結構爲子實體。
