口袋妖怪去第三週目需要先完成5個任務。分別是：1、回顧第一週目的提示，進入赤焰鬆反派的劇情，捕捉比庫緹尼；2、在琉璃島潛水下去，進入洞穴，完成反派水梧桐的劇情，捕捉瑪菲娜；3、進入冥想殿堂，完成板木的劇情，捕捉超夢；4、前往大挑戰區，完成父與子的劇情，捕捉冰龍；5、進入覺醒神殿會會出現時空洞穴，完成赤目的劇情。完成以上5個任務後，在家出發，向右走，坐船可到達第三週目。
