1、通過燃料與氧化劑的化學反應直接將化學能轉變成電能，沒有中間的能量轉化環節，因而這種發電方式能量轉化效率可高達百分之五十。還可回收發電過程中產生的餘熱。若把產生的餘熱再用於發電或供暖、供水等，綜合考慮效率能達到百分之八十。
2、發電過程，機械部件很少，噪聲低；化學反應的排出物主要是水蒸氣等潔淨的氣體，不會污染環境。
3、所使用的燃料，既可是天然氣、煤氣和液化燃料，也可以是甲醇、沼氣乃至木柴。可根據不同地區的具體情況，選用不同的燃料用於燃料電池的發電系統，這可廣開燃料來源途徑，緩解能源緊張。
4、中斷運轉到再啓動，輸電能力回升速度快，並可在短時間內增加和減少電力輸出。因此將這種發電系統與其他輸電網連接使用最爲有利，可隨時補充電網在用電高峯時所需的部分電能。
5、本身爲一個“組合體”，所用部件可事先在工廠生產，然後組裝；它的體積小，拆裝都很方便，這可節省建電站的時間。
