1、漂洋出海，不知所終。有傳言建文帝泛舟出海，去了南洋，並在某個小島上過着自食其力的恬然隱居生活。
2、江蘇吳縣說《文匯報》的記者徐作生通過查閱文獻和親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺蹟、遺物，並結合文獻資料，認爲建文帝當年離開紫禁宮後，削髮爲僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏於江蘇吳縣普濟寺內，此後一心爲僧，無復國之意。
3、四川望京寺說有人則認爲建文帝在四川平昌佛羅寺躲藏過，並病逝於此，葬於寺後山坡上。建文帝之所以選擇佛羅寺，是喜歡這裏偏僻難尋，不容易被發現。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，後人就把佛羅寺改稱望京寺。
4、還有一種說法，據《江油縣誌》記載：明朝建文帝，兵敗歸隱山林，具體地址不詳。
