主管藥師兩年有效期。主管藥師有效期實行兩年爲一個週期的滾動管理辦法，根據衛生專業技術資格考試辦法的要求實施。主管藥師考試採用機考的形式，考試試題均爲客觀題，採用計算機統一評分，不接受成績複覈申請。
關於主管藥師有效期，以2020年首次參考舉例如下：
考生甲在2020年報考了主管藥師基礎知識、相關專業知識、專業知識、專業實踐能力全部四個科目。2020年考試通過了基礎知識、專業知識兩科；2021年就只要報考相關專業知識、專業實踐能力兩科，如果這兩科在2021年通過了，那就算通過了主管藥師資格考試，可取得證書。
如果在2021年相關專業知識科目通過，而專業實踐能力沒有通過，那到2022年考生甲在2020年通過的三科成績作廢。所以考生甲在2022年就必須報考除相關專業知識外的其它三科，並且全部通過，纔算通過主管藥師資格考試，可取得證書。
