南匯區共14個鎮：惠南鎮、大團鎮、新場鎮、周浦鎮、祝橋鎮、泥城鎮、航頭鎮、蘆潮港鎮、康橋鎮、書院鎮、老港鎮、六竈鎮、萬祥鎮和宣橋鎮。南匯區還有幾個工業區：南匯工業園區、康橋工業區、濱海度假區、惠南新城區、現代農業園區。
