機箱底部風扇和顯卡不衝突，機箱風扇是可以改善機箱內整體溫度的，加快機箱內空氣流動速度的。機箱內溫度降下去了，顯卡、CPU等等配件的溫度都會有所好轉。
一般機箱風扇是裝在機箱前部的，將冷空氣從前部吸入吹向主板上空，最後由電源風扇排出，形成對流。最好考慮空氣流動方向問題，最佳方案是前後各裝一個風扇，成對角方向分佈，然後整個機箱散熱效果就很好。機箱前部風扇對裏面吹，後部風扇對外面吹。
形成對流CPU、顯卡、硬盤、光驅、北橋、南橋及板卡上的其他芯片時刻在加熱機箱內的空氣，如果不將這些熱氣排出箱外，將嚴重影響各部件散熱，影響電腦的使用壽命。實測表明，裝了機箱風扇的機箱比沒裝的機箱，箱內溫度要低5～10℃，可明顯改善箱內配件及電器元件的工作環境。
