乙醇汽油和純汽油最大的區別就是乙醇汽油中的乙醇是可再生資源，可由高粱、玉米、薯類等經過發酵而製得，更加環保，但純汽油卻是不可再生的，且排放的氣體污染比較嚴重；此外，還有一個比較明顯的區別，乙醇的熱值只有常規車用汽油的60%，所以在動力性和燃油經濟性上會比純汽油要差些。
用乙醇汽油由於混配有一定量的變性燃料乙醇，乙醇是親水性液體，易與水互溶，不同於汽油，汽油可以和水分離，水份沉積在油箱底部。因此車輛在首次使用車用乙醇汽油時，應對油箱內進行一次檢查，以防止乙醇汽油與油箱底部可能存在的沉澱積水互溶，使油中水分超標，影響發動機的正常工作。選用乙醇汽油之前要對汽車的燃油系統進行清潔。
