1、分佈不同：根主要是在植物的底部，一般都是在地下；而莖主要是在植物的中軸部，一般都是在地上。
2、作用不同：根主要是用來負責吸收土壤裏面的水分以及各種營養物質，並且還具有支撐、繁殖、貯存等作用；而莖主要是用來傳遞水分以及各種營養物質來支持葉、花、果實在一定空間中生長，有些還具有光合作用。
3、結構不同：根可以分爲根尖結構、初生結構、次生結構；而莖則分爲初生結構、次生結構、橫切面。
其它植物器官：
葉：葉是植物進行光合作用的主要器官，其中葉片的顏色與其所含的色素有關。
花：花是植物繁衍後代的生殖器官，主要包括雄蕊以及雌蕊，一般需要藉助自然或人工的方式完成受精。
果實：果實是被子植物的雌蕊經過傳粉、受精，之後發育而成的器官，一般包括果皮和種子兩部分。
種子：種子是裸子植物和被子植物特有的繁殖體，一般由種皮、胚、胚乳三部分組成。
