有昆陽鎮、晉城鎮、海口鎮等42個鎮。
昆陽鎮，坐落在美麗的滇池南岸，屬縣城所在鄉鎮，是全縣政治、經濟、文化中心，東接上蒜鄉和滇池，南鄰寶峯鎮，西與二街鄉接壤，北爲西山區的海口鎮。昆洛公路、安晉公路、昆玉公路、昆玉鐵路越境而過。晉城鎮，位於晉寧縣東部，處在昆明、玉溪兩大城市中點，東與澄江、江川接壤，南與六街鎮爲鄰，西接上蒜，北與呈貢馬金鋪交界。曾爲“古滇國”都邑，是古滇文化的發祥地，歷史悠久，文物古蹟衆多。始建於唐代的盤龍寺，集儒、道、釋三教爲一體，名聲遠揚東南亞。海口鎮，位於西山區南端，螳螂川畔，因是滇池西南的出水口而得名，東臨滇池、南接晉寧、西連安寧、北與本區的碧雞鎮毗鄰。鎮內居住着漢、回、彝三個世居民族。回族聚居在里仁村委會，是西山區回族人口最集中的地區，彝族分佈在雙哨村委會和白魚村委會的祿海新村。
