1861年（咸豐十一年）9月5日，湘軍攻陷安慶。9月25日，曾國藩移住安慶。12月20日，曾國藩奉旨督辦四省軍務，其巡撫、提鎮以下悉歸節制。同月，在安慶創辦內軍械所。二月十四日，左宗棠率軍由江西入浙江。四月，李鴻章率軍抵上海。五月，曾國荃率軍進駐雨花臺，會同彭玉麟的水師圍攻天京。六月，洪秀全命令各地太平軍回援天京，太平軍集結二十萬人兵力，十月起大戰湘軍四十多天，未能取勝。1864年7月，湘軍破太平天國的天京，對無辜平民展開屠殺與搶掠，當時的南京城被燒燬，平民死傷無數。7月，朝廷加曾國藩太子太保、一等侯爵。曾國荃賞太子少保、一等伯爵，此起曾與平定太平天國戰功居次之湖廣總督官文雙方形成集團政爭白熱化。八月，奏準裁撤湘軍25000人。
