網劇《萌學園6》講述的是萌騎士打敗黑魔王和淨化陰森女王后發生的故事，萌學園再次發生迷案，萌騎士和卜快老師矛盾加劇。
萌學園再次迎來新生，有消息稱，已經第39次擔任代理校長的帕滑落地訓導主任很有可能取代四處演講的羅博高校長，沒想到帕滑落地主任的事情還沒解決，學校又出現了奇怪的事情。
開學第一天，無人使用的電話亭突然傳出很大的鈴聲，緊接着滿身是傷的長老會密使老兵大軍跌出電話亭昏迷不醒，只來得及說了一句“復活石”。
然而等大軍醒過來卻失憶了，前段時間發生了什麼一點印象都沒有，更不要說復活石是什麼了，就連自己怎麼回到萌學園都不知道了，大家心裏忐忑不安。
經過調查，萌騎士只知道復活石和詛咒石和復活黑暗大帝有關，其他的事情尚不清楚。而且萌學園還突然發生了師生失控事件，大家都在積極尋找復活石，卜快老師和學生之間的矛盾越來越大。
而且這次失控事件竟然和卜快老師有關係，卜快老師偷偷將一個音樂盒放在保健室大軍的牀底下，音樂盒設定的時間和同學失控的時間剛好一致。暗黑武士和黑衣人頻頻攻擊萌學園，暗黑大帝復活危機迫在眉睫。
