進化論的致命是化石的中間環節的缺失。其實，達爾文主義的最大困難正是化石的證據。進化論最大的敵人不是宗教領袖而是研究化石的專家們。達爾文發表《物種起源》不久，在德國的一個石灰岩層發現一個動物化石，被取名爲“始祖鳥”（ArchaeoPteryx），兼具爬行動物和鳥類的特徵，被認爲是由爬行類進化到鳥類的中間類型。進化論者爲之雀躍，以爲進化論已找到充分的證據。然而達爾文本人十分清楚，化石的證據顯明中間類型的缺失，對他的理論是致命傷。但他推諉於化石記錄的不完全。 經過一百多年的努力，科學家們已發現許多保存相當完整的地層，對其中所保存的化石也作了深入而系統的研究，中間類型的化石仍難尋覓。“始祖鳥”化石到目前爲止只發現兩例，這是很難解釋的。
