上海補充公積金可以稅前扣除，但是需要按規定辦理不能超出規定。個人不超過7%，單位不小於1%。由於補充公積金賬號和基本公積金賬號存在關聯，計算機在扣款時就會根據關聯規則自動從對應的補充公積金賬戶內進行扣款。
