魚缸養錦鯉保持水清澈透明的關鍵是過濾。過濾主要是過濾魚便，水裏的毒素是魚便產生。
水族過濾系統主要有上濾、滴流合、底濾、濾桶、側濾、背濾，過濾系統形式是不同，但本質上都是在缸外培養硝化菌的過濾系統，即是魚便要抽取到那些濾體裏才能進行硝化處理，才能把魚便的氨清除。
過濾系統通過配合造浪泵使用，把缸內大部分的魚便抽入濾體，造浪泵工作時魚便會漂浮整個魚缸，把水體全部過濾需要一定時間，在這段時間裏魚便有部分溶解在水裏，污染水體使氨含量升高，使魚容易生病，因此需要常用吸管把魚便吸取出來及換水，以減輕過濾的負擔。
