新疆昌吉衛生學校開設有護理、藥劑、口腔工藝技術等15個專業，設有護理、藥學、三理、解剖、生物與微生物、臨牀等13個教研組，建立了解剖、病理、中草藥等標本室和基礎護理、臨牀護理、藥劑、臨牀檢驗等45個實驗實訓室。截至2010年9月，新疆昌吉衛生學校爲社會培養了2萬餘名畢業生，學校先後榮獲全國十佳辦學單位、中國校園文化建設百佳示範學校、全國教育網絡系統示範單位。《中國教育報》、《人民日報》、《昌吉日報》等媒體多次報道了該校特色辦學情況。
