飛行系神奇寶貝有：噴火龍、巴大蝴、波波、比比鳥、比雕、烈雀、大嘴雀、超音蝠、大嘴蝠、大蔥鴨、嘟嘟、嘟嘟利、飛天螳螂、暴鯉龍、化石翼龍、急凍鳥、閃電鳥、火焰鳥、快龍、咕咕、貓頭夜鷹、芭瓢蟲、安瓢蟲、叉字蝠、波克基古、天然雀、天然鳥、毽子草、毽子花等。
