1、在低負荷工況下，會產生相當大量的NOx（氮氧化物）與高溫，這樣對於三元催化器的要求會很高。
2、缸內直噴技術對於一些硬件設施也要求很高，例如需要配備高壓噴油嘴，以提高油氣的霧化程度與混合效率；缸內直噴系統的發動機除了在材質上更加講究，而且爲了分層燃燒時控制氣體的流向，就連活塞、燃燒室形狀也都需要特別設計；最最重要的一點，缸內直噴需要穩定品質的高標號燃油。
3、缸內直噴由於不能像進氣歧管噴射一樣通過汽油對氣門背部進行沖刷，時間長後會導致發動機積碳嚴重，氣門背部留有厚厚一層積碳，影響ECU對進氣量的判斷，嚴重時可導致啓動困難。
