1、一般按1份蚯蚓糞、3份土壤的混合比例使用，適用於花卉、有機蔬菜種植等。
2、底施:在耕地時可撒施於地表，然後翻入耕作層至犁底層，這樣可使耕作層逐年加深，提高地力，每畝每年可施10立方米的蚯蚓糞。集中深施主要用於林、果和某些深根性作物的栽培，栽樹時樹坑深度應比通常栽植的深20~30釐米，集中施入純蚯蚓糞約30釐米厚，栽完後按常規方法覆土澆水。追肥與底肥的用量比爲3:7，對一般經濟作物，每茬每畝用100~200千克蚯蚓糞；果樹每畝每年200～300千克，期間可適當減少化肥用量。
3、撒施:將蚯蚓糞撒在植物附近土面上，使土表形成有益微生物層，可收到蓄水保墒效果，使地表植物根系發達，能夠充分利用土表養分，對淺根性植物根系的生長尤爲有利。多用於草坪，一般以蚯蚓糞1kg每平米均勻撒施在草坪表層即可。
4、葉面噴施:利用蚯蚓糞對某些植物病害（主要是土傳病害）的抑制作用，來起到防治病害的目的，適用於果樹、花卉或染病的盆栽植物。方法是將1份蚯蚓糞浸泡在3份清潔水中保持24小時以上，製成懸濁液，噴施或淋施於植株表面。
