免疫系統有防禦、穩定和監控三大功能：
1、防禦功能：保護機體抵禦病原體及其毒性產物侵犯，幫助機體消滅外來的細菌、病毒，使人免患感染性疾病，當該功能過於亢進會發生超敏反應，當該功能過於低下會發生免疫缺陷病；
2、穩定功能：人體組織細胞時刻不停地新陳代謝，隨時有大量新生細胞代替衰老和受損傷的細胞。免疫系統能及時地把衰老和死亡的細胞識別出來，並把它從體內清除出去，從而保持人體的穩定，該功能異常時會發生自身免疫病；
3、監控功能：免疫系統具有及時識別、殺傷並及時清除染色體畸變或基因突變的細胞，防止腫瘤和癌變的發生的功能，當該功能發生異常時，持續感染將不能得到及時清除，細胞癌變將不能得到及時遏制。
