昌都屬高原亞溫帶亞溼潤氣候。夏季氣候溫和溼潤，冬季氣候乾冷。昌都的年溫差小，日溫差大。年平均日照數爲2100—2700小時，年無霜期46—162天，年降水量爲477.7毫米，集中在5—9月。常見的自然災害有霜凍、雪災、冰雹。
