建行企業同行網銀可以代發工資代扣款項，但是如果跨行可以跨行代發，但不能跨行代扣。建行企業網銀需簽約建行企業網上銀行高級版，要求在櫃檯已經開通代發工資功能，且已通過企業網銀主管設置了代發代扣流程。如果開通的是跨行代發工資項目，需將收款賬戶開戶行填寫清楚及完整，要求填寫銀行名稱+具體市+具體開戶網點。
建行企業網銀進行跨行工資代發，需制單員登錄企業網銀，點擊代發代扣，填寫跨行轉賬信息後進行批量制單。上傳代發文件後複覈員會登錄覈對代發信息選擇審批通過或不通過，最後由最後一級複覈員進行確認後完成工資的跨行代發。
