將夢幻的睫毛DNA提取出來，製造出念力系最強神奇寶貝超夢，超夢屬於人造神奇寶貝，所以說超夢是被克隆出來的。
隨後，夢幻在新島的周圍出現，與此同時超夢正在通過本體與克隆體的對戰，測試其克隆的初學者寶可夢們的能力。
超夢在摧毀其出生的實驗室後，火箭隊首領阪木以幫助超夢控制自己的能力爲由說服了超夢與自己合作。事實正相反，阪木將超夢當作了武器利用。在擺脫阪木的控制後，超夢質疑自己的存在，並決定向自己的製作者復仇。爲了實現目的，超夢邀請了包括電影主角小智在內的數名寶可夢訓練家來到自己的島嶼，並計劃克隆他們的寶可夢。
在計劃成功後，局勢愈演愈烈：本體們與克隆體們進行對戰來決出高下，超夢自己則同夢幻展開了對決。小智犧牲自己平息了爭鬥，隨後被複活。看到小智爲了阻止原生體與複製體的戰爭被石化，最終被交戰雙方流下眼淚的模樣打動，超夢意識到了不管原生體還是複製體都是實實在在的生命。於是親自斬斷憎恨，將小智等人的記憶抹消後，帶領着複製體同伴展開了尋找生息地的旅行。
