個人獨資企業個人所得稅的徵收方式是：根據《財政部國家稅務總局關於印發關於個人獨資企業和合夥企業投資者徵收個人所得稅的規定的通知》第四條規定：“個人獨資企業和合夥企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，作爲投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的個體工商戶的生產經營所得’應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算徵收個人所得稅。”
