結構基因組學是以全基因組測序爲目標，確定基因組的組織結構、基因組成及基因定位的基因組學的一個分支。它代表基因組分析的早期階段，以建立具有高分辨率的生物體基因組的遺傳圖譜、物理圖譜及轉錄圖譜爲主要內容。以及研究蛋白質組成和結構的學科。
功能基因組學:運用遺傳技術，通過識別某個基因在一個或多個生物模型中的作用來認識新發現基因的功能。功能基因組用功能不明的分離基因作爲起始點，然後選擇具有該同源基因的生物模型。這一生物模型可以是簡單的酵母細胞或複雜的線蟲甚至老鼠。基因被選擇性的用多種遺傳技術滅活，在此生物體上選擇性去除的效果被確定。通過這種方法去除基因，它對生物功能的貢獻就能夠被識別。功能基因組在評估和檢測新藥時十分有用。在另一種方法中，一整套基因被系統地滅活，人們就可以檢測其對特定細胞功能的影響。這裏，一個新的基因和其功能就同時被識別了。
