公元1673年，吳三桂在雲南起兵。爲了籠絡民心，他脫下清朝王爵的穿戴，換上明朝將軍的盔甲，在永曆帝的墓前假惺惺地痛哭一番，說是要替明王朝報仇雪恨。
吳三桂在西南一帶勢力大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信和福建的耿精忠聯繫，約他們一起叛變。這兩個藩王有吳三桂撐腰，也反了。歷史上把這件事稱做“三藩之亂”。
三藩一亂，整個南方都被叛軍佔領。康熙帝並沒有被他們嚇倒，一面調兵遣將，集中兵力討伐吳二桂；一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，把他們穩住。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，又投降了。
吳三桂開始打了一些勝仗，後來清兵越來越多，越打越強，吳三桂的力量漸漸削弱，處境十分孤立。經過八年戰爭，他自己知道支撐不下去，連悔帶恨，生了一場大病斷了氣。公元1681年，清軍分三路攻進雲南昆明，吳三桂的孫子吳世璠自殺。清軍最後平定了叛亂勢力，統一了南方。
