按設計正常運行的無塵室對身體是沒有傷害的。無塵室裏清潔的空氣，恆溫恆溼的環境還會讓人感到很舒適。只是因爲大部分高級別的無塵室需要穿全套的防靜電服，還要戴口罩，長期工作可能會覺得不舒服，這個就屬於個人的問題了。
實際在無塵室工作中，對人體傷害的來自兩個方面：
一是有些工廠爲了提高生產效率，安排了很多人員和崗位在裏面，無塵室是定量補充新鮮空氣的，如果裏面的人數超過一個值，那麼每個人能補充的新鮮空氣就不夠，所以人就會感到不舒服，嚴重的會出現胸悶、頭痛等症狀。但這個是依據個人狀態而言，有的人可能會感到不舒服，有的人卻沒有任何不適。
二是有些室內有對人體危害的化學品，但是沒有配備合適的排風裝置，對員工造成傷害。
