1、雞鳴寺，位於南京玄武區雞籠山東麓山阜上，又稱古雞鳴寺，始建於西晉，是南京最古老的梵剎之一，自古有“南朝第一寺”，“南朝四百八十寺”之首寺的美譽，是南朝時期中國的佛教中心。
2、大報恩寺，位於南京市秦淮區中華門外，是中國歷史上最爲悠久的佛教寺廟，其前身是東吳赤烏年間建造的建初寺及阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之後中國的第二座寺廟，也是中國南方建立的第一座佛寺。
3、淨覺寺，是南京最大的清真寺，位於該市城南三山街附近的升州路28號。初建於明朝，現有大殿、二殿、牌坊、望月樓、南北講堂、碑亭、水房等建築，被列爲江蘇省文物保護單位。
4、靜海寺，位於江蘇省南京市鼓樓區儀鳳門外，北倚獅子山，東接天妃宮，西臨護城河，爲明成祖朱棣爲褒獎鄭和航海的功德下令敕建的皇家寺院，是中國海上絲綢之路以及鄭和下西洋的重要歷史遺存之一。
5、靈谷寺，位於南京市玄武區紫金山東南坡下，是南朝梁武帝爲紀念著名僧人寶誌禪師而興建的“開善精舍”，初名開善寺。明朝時朱元璋親自賜名“靈谷禪寺”，並封其爲“天下第一禪林”，爲明代佛教三大寺院之一。
