大型民航飛機的廁所會在旅客按下衝水按鈕後，通過真空裝置將排泄物吸進飛機的廢物容器內，當飛機到達地面後，再由專用的糞便收納車輛將糞便集中收納，再將污箱裏的廢物接入真空吸污泵站內進行處理，整個處理過程真空且無公害、無污染。
一些老式或小型的飛機在長途飛行時，一般會採用直排式處理方法來處理排泄物，這種排泄物的處理方法是通過打開飛機的排泄物處理口，將排泄物直接扔在太平洋和森林上空，這樣處理的排泄物會在空中自由落體時就被分解。
需要注意的是飛機的吸污系統比較精緻，如果有乘客把飲料瓶蓋、塑料袋扔到飛機衛生間的馬桶裏，就很容易產生污物箱內堵塞的情況，這個時候想要進行排泄物的清理就需要用工具伸進污物箱排污口清理雜物，等異物被摳出來後才能進行清理。
