如果加溼器本身不衛生，病菌就會隨水蒸氣漂浮在空氣中，對人的健康造成危害。不能直接將自來水加入加溼器。因爲自來水中含有多種礦物質，會對加溼器的蒸發器造成損害，所含的水鹼也會影響其使用壽命。自來水中的氯原子和微生物有可能隨水霧吹入空氣中造成污染。如果自來水硬度較高，加溼器噴出的水霧中因含有鈣鎂離子，會產生白色粉末，污染室內空氣。
