使用剪刀、刀片、牙籤、鑷子等，將渣樣物、鈣化物或者腐爛物清理乾淨。清理時需注意，儘量仔細小心，不要傷及未腐壞的骨板。對於已經壞死乾枯的甲殼，建議使用剪刀直接剪除，避免影響上藥。
清理乾淨之後，建議使用5%聚維酮碘溶液將患處消毒，在消毒後可以選擇使用紅（金）黴素軟（眼）膏、百多邦軟膏、青黴素粉劑等塗在患處。
腐甲簡單來說就是龜龜的甲殼失去活性並腐爛。而大多數情況是，龜龜並非一開始就腐甲，而是由於病原微生物的侵襲，造成了甲殼感染。甲殼感染嚴重後，肉眼可見龜龜的甲片和背甲之間不再貼合，失去活性，同時，甲殼腐爛，伴有惡臭味，即爲腐甲。
