溶酶體的酶有3個特點：1、溶酶體膜蛋白多爲糖蛋白，溶酶體膜內表面帶負電荷。所以有助於溶酶體中的酶保持遊離狀態。這對行使正常功能和防止細胞自身被消化有着重要意義；2、所有水解酶在pH值等於5時左右活性最佳，但其周圍胞質中pH值爲7、2。溶酶體膜內含有一種特殊的轉運蛋白，可以利用ATP水解的能量將胞質中的氫離子泵入溶酶體，以維持其pH5；3、只有當被水解的物質進入溶酶體內時，溶酶體內的酶類才行使其分解作用。一旦溶酶體膜被損，水解酶逸出，導致細胞自溶。
