《棋魂》結局是光與佐爲成天下棋，棋藝日夜增長，佐爲也發現了自己在世上的時間已經不久了。他害怕，他還想下更多的棋，不願承認小光棋藝高強。
在最後的時間裏，他懇求着與小光下棋，卻被小光認爲佐爲任性。一個清晨裏，佐爲懇求着與小光下棋。這盤棋，是最後的一盤棋，還未下完，佐爲便已消失。佐爲消失後，小光去了棋院，去了秀策的故居，只爲尋找佐爲的足跡，但是卻找不到。
在那之後，小光有一段時間的消沉，不願面對圍棋。在朋友的幫助下，小光從圍棋中感受到了佐爲的存在，又有了對圍棋的熱情。在一個夢境裏，小光見到了佐爲，佐爲似是想說些什麼，最後卻釋然了，把跟隨自己許久的摺扇交給了小光。
