在嚴格按照測量要求的情況下，兩者的精準度差不多，如果真的要深究，水銀溫度計稍微比耳溫槍要準那麼一點點，但是在溫度地反映上可以忽略不計，或者是呈現出0.1℃不到的溫度誤差。在一般情況下，用左耳和右耳測出來的體溫誤差都有0.1℃。傳統的水銀體溫計遇熱或安置不當，體溫計容易折斷，水銀則散發出來如果水銀體溫計在人體中折斷，水銀蒸氣將被人體吸收。兒童長期接觸水銀將導致神經損傷，孕婦如果食用被水銀污染的魚將造成胎兒受損，而且測量時間長，耳溫槍均克服了以上水銀體溫計的缺點。
