《天行九歌》和《秦時明月》是姊妹篇，但是在故事線上是獨立的，並沒有什麼關係。《秦時明月》講述的是秦朝末年發生的故事，而《天行九歌》則將故事背景放在了戰國時代，講述諸子百家發生的各種事情。
兩部作品中的部分角色和故事背景有所重疊，但它們卻是相互獨立的長篇系列故事，各自有着清晰的主線和劇情，所以《天行九歌》不是《秦時明月》的特別篇，《天行九歌》和《秦時明月》是姐妹篇。
在《天行九歌》中，赤練還是韓國的公主紅蓮，張良也依然是個世家子弟，而嬴政依舊在呂不韋的控制中，蓋聶是嬴政身邊第一劍客，衛莊是新鄭城中的神祕青年，李斯這個時候剛剛進入秦國開始爭奪權力。不過這並不代表可以將兩部作品放在一起分析，這樣做的話其中會有很多bug無法解釋，因此也可以看出，它們其實是兩部獨立的作品，劇情並不是上下串聯起來的。
