外源基因是存在於生物的基因組中、原來沒有的外來基因，也指經轉基因步驟導入受體細胞的基因，可以通過基因操作獲得。目的基因就是指基因工程中要表達的基因。因此，外源基因的範圍大，包含目的基因在內，包括受病毒感染細胞中病毒基因同屬外源基因。
