當使用熱力來殺滅微生物時，滅菌時間和溫度的選擇取決於是採用溼熱還是乾熱方式。實際操作中，溼熱比干熱更有效，但需要保持恆定溫度3至6小時。熱氣通過促使在細胞內發生化學變化，破壞細胞蛋白質來殺死微生物。在乾燥環境中熱傳送較慢，而且芽孢含有比繁殖型細胞更少的水分，所以它們更難被殺滅。很重要的一點是讓戊二醛汽體和要被殺滅的微生物保持接觸，保證汽體的有效穿透和在內腔中提供溼潤的殺菌條件 ，以有效的殺死各種微生物。
