明代建國後，於1368年以應天府爲南京，1378年定南京爲京師，1421年明成祖以北京爲京師，恢復南京之名，作爲留都。應天府在明初時轄上元、江寧、溧水、江浦、句容、溧陽六縣，後加轄六合、高淳二縣。 清代初年，改南京爲江南省，改應天府爲江寧府，所轄八縣如故。後江南省分爲江蘇、安徽兩省，江寧府隸屬於治所設在蘇州的江蘇巡撫管轄，但管轄江蘇、安徽、江西三省的兩江總督衙門設在江寧。因此，古南京應天府應指現在的南京。
