左宗棠爲捍衛祖國領土、主權完整而作出的最大貢獻，是他在19世紀70年代力排衆議，克服種種困難，率師一舉收復新疆地區。爲收復新疆，左宗棠不畏艱苦，殫精竭慮，爲西征籌兵、籌糧、籌轉運。因軍餉匱乏，不得不四處求告，甚至不惜揹負罵名，重息舉借外債。爲提高西征軍的戰鬥力，出關前還加強了部隊的整頓和訓練，配備了較爲先進的武器，制定了“先北後南，緩進速戰”的戰略、戰術原則；又重申軍紀，嚴禁殺掠姦淫，並推行正確的俘虜政策，對被裹脅的俘虜發給衣服、糧食，予以釋放，使敵人不穩的軍心更加渙散，從而加速了阿古柏政權的崩潰。收復新疆之役在左宗棠的運籌帷幄和廣大將士的英勇奮戰下，在全國人民特別是新疆各族民衆的大力支持下，一路勢如破竹。從光緒二年六月至光緒三年十一月曆時一年半，終於收復了除伊犁之外的全部失地。
