二者在許多方面存在區別：
1、兩者的審計目標不同，政府審計是對單位的財政收支或者財務收支的真實，合法和效益依法進行的審計，註冊會計師審計是註冊會計師對財務報表是否按照適用會計準則和相關會計制度編制進行的審計。
2、兩者的審計標準不同，政府審計是審計機關依據中華人民共和國審計法和國家審計準則等進行的審計，註冊會計師審計是註冊會計師依據中華人民共和國註冊會計師法和中國註冊會計師審計準則進行的審計。
3、兩者的經費或收入來源不同，政府審計履行職責所必需的經費，應當列入財務預算，由本級人民政府予以保證，註冊會計師的審計收入來源於審計客戶，由註冊會計師和審計客戶協商確定。
