西南大學沒有有臨牀醫學，西南大學醫學院設置了化學藥學、生物藥學、中藥學、藥理學、藥物製劑、藥物分析學和製藥工程7個教研室。與重慶市第九人民醫院共建臨牀藥學教研室,與重慶市北碚中醫院共建藥物製劑工程中心。建築面積8000多平方米，建有面向社會人才培養與科學研究服務的西南大學藥學院分析測試中心、重慶市創新藥物質量控制平臺和西南大學藥學院SPF級實驗動物中心等公用平臺，有包括400M核磁共振儀、MALDI-TOF/TOF生物質譜分析儀、三重四級杆液質聯用儀、小動物活體成像分析系統、高效液相色譜儀、紫外-可見分光光度計、熒光分光光度計、熒光顯微成像分析系統、傅里葉變換紅外光譜儀、熱分析儀和激光粒度儀等價值3000多萬元的教學和科研儀器設備。
