停止過濾之後硝化菌會死亡，硝化細菌是好氧菌，一旦過濾關了就等於切斷了氧供應和整個氨氮循環系統，硝化菌缺氧會大量死亡，只有同時滿足了水分與氧氣的供應，它們才能存活。硝化細菌(Nitrifyingbacteria)是一類好氧性細菌，包括亞硝酸菌和硝酸菌。生活在有氧的水中或砂層中，在氮循環水質淨化過程中扮演着很重要的角色。硝化細菌完全無需專門購買，魚缸中氧含量和有機物多達到正常水平後，2個月左右就可以建立起穩定的菌落。
