在南少林的爭論中，擁有最多贊同者的是三座古寺，一爲泉州少林寺，一爲莆田少林寺，一爲福清少林寺（福建出現了六座少林寺，仙遊的九座寺、詔安的長林寺、福清少林寺、東山的古來寺、泉州東禪少林寺以及莆田林泉院）。南少林，大量的資料顯示其的確存在過，但卻在清朝時因參與反清復明活動被清廷鎮壓了，是徹底焚燬還是改名換姓，現尚被研究者爭論。但可以確定的是其的確存在；南少林在福建；它留下了不同於北少林的豐富武學。明朝時期有因倭寇侵擾，南少林曾派出僧兵在福建沿海抗擊倭寇，因此後有武學回流一說，即明朝南少林武學回流給北少林。
