南通高新區不屬於哪個區，高新區歸市政府直接領導。南通國家高新技術產業開發區（原通州經濟開發區）創建於1992年，南通高新技術產業開發區管委會爲南通市人民政府派出機構。至2017年底，南通市區有崇川區、港閘區、通州區和富民港辦事處（與南通經濟技術開發區管委會合署辦公），下轄海安縣（2018年撤縣建市）、如東縣、啓東市、如皋市、海門市。
