河海大學研究生教育始於50年代，是國家首批招收博、碩士生的單位和全國最早開展研究生教育的學校之一，是中華人民共和國教育部批准設立的56所研究生院之一，學校有1個一級學科國家重點學科，7個二級學科國家重點學科，10個省級重點學科。6個國家級以及省部級重點實驗室、10個國家級以及省部級工程研究中心。12個博士後流動站，12個一級學科博士點，69個二級博士點，233個碩士點，18個工程碩士專業學位領域及工商管理碩士專業學位授權點和15個高等學校教師專業碩士學位授權點。
河海大學研究生院是國家高層次人才培養和科技創新的重要基地。研究生院坐落在南京市區風景優美的清涼山麓。培養領域覆蓋了工、理、經、管、文、法等多學科，尤其是在水利學科研究生培養方面具有廣泛的社會影響，是水利學科研究生培養基地。
