《女醫明醫傳》結局是祁鈺在除夕夜病逝，允賢逃脫了殉葬的命運，卻意外地失去了腹中的孩子，之後便離開了皇宮，遠走天涯，十年之後朱祁鎮找到了允賢。
允賢還是沒能保住她與祁鈺唯一的孩子，不幸小產。此時的朱祁鎮在孫太后與百官的哄騙支持之下，無奈即位，危難之中重新擔起了大明的重任。爲了皇后爲了太子，更爲了江山社稷與天下百姓，朱祁鎮必須放棄私心，重新迴歸那座高位。
此時的允賢也終於走出皇宮的高牆，在江湖之中找到了真正屬於自己的位置，將她濟世濟民、行醫救人的理想付諸了行動。這樣的快樂讓她終於得以忘記了失去愛人孩子的痛苦，實現了自我的價值。
這一次，朱祁鎮等來了與愛人相伴，攜手一生的機會。當他推開允賢醫館的大門，二人四目相對的一刻，不需要任何言語，暖暖的溫情已然流淌在他們的心間。歷盡世間滄桑的這對愛人，終於迎來了他們幸福的未來。
