南京工程高等職業學校始建於1956年，2002年由江蘇省地質礦產廳劃歸江蘇省教育廳管轄。次年，由普通中等職業學校升格爲全日制高等職業學校，同時增掛江蘇聯合職業技術學院南京工程分院，是南京地區唯一一所隸屬於江蘇省教育廳的公辦的五年一貫制高等職業學校。分爲三個校區：1、南京工程高等職業學校百家湖校區。地址：南京市江寧區莊排路159號；2、南京工程高等職業學校浦口校區。地址：南京市浦口區洪流村93號；3、南京工程高等職業學校九龍湖校區。地址：南京市江寧區蘇源大道50號。
