本草綱目在藥物分類上改變了原有上、中、下三品分類法，採取了“析族區類，振綱分目”的科學分類法，把藥物分礦物藥、植物藥、動物藥。又將礦物藥分爲金部、玉部、石部、滷部四部。
植物藥一類，根據植物的性能、形態、及其生長的環境，區別爲草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分爲山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小類。動物一類，按低級向高級進化的順序排列爲虫部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部等6部。還有服器部。這種分類法，已經過渡到按自然演化的系統來進行了。從無機到有機，從簡單到複雜，從低級到高級。
